नागरी संरक्षण मुख्यालय सेवेमार्फत विविध नागरी संरक्षण उपाययोजनाचा आराखडा तयार करणे, त्याच्या अंमलबजावणीचे आदेश निर्गमित करणे व त्यानुसार कामकाज वर नियंत्रण ठेवणे ही कामे पाहिली जातात. संचालक हे नागरी संरक्षण हे संघटनेचे नियंत्रक म्हणून काम पाहतात. मुंबईसारख्या मोठ्या आणि अतिमहत्त्वाच्या शहरात अतिरिक्त नियंत्रक, नागरी संरक्षण हे त्यांच्या अधिपत्याखालील क्षेत्रातील उपनियंकाकडून त्याच्या योजनाची अमंलबजावणी करून घेतात. तसेच इतर शहरात नागरी संरक्षण हे उपनियंत्रक, नागरी संरक्षण व त्यांचे कर्मचारी यांचेकदून केले जाते. या सर्व कर्मचार्यांच्या नियुक्त्या महाराष्ट्र शासनाकडून केल्या जातात.